Sean Lennon nació en Nueva York el 9 de octubre de 1975, en el cumpleaños 35 de su padre. Julian Lennon y Kyoko Chan Cox son sus medios hermanos. Después del nacimiento de Sean, John se convirtió en un amo de casa, cuidando a su joven hijo hasta su asesinato en 1980. Sean fue educado en el exclusivo colegio privado Institut Le Rosey en Rolle, Suiza, y antes en la escuela privada de Ethical Culture Fieldston y en Dalton School. Más tarde asistió a la Universidad de Columbia.
Sus padres no le obligaron a la vida de un músico: ocultaron deliberadamente la vida musical de su hijo. Su debut en el mundo de la música fue a la edad de cinco años, recitando una historia en el album de su madre, Season of Glass de 1981 . Desde la niñez hasta su adolescencia Sean continuó colaborando con su madre, contribuyendo voz y recibir crédito para la producción de sus álbumes en solitario It's Alright (I See Rainbows), StarPeace y Onobox. Sean (a la edad de dieciséis) escribió la canción "All I Ever Wanted", con Lenny Kravitz de su álbum de 1991 Mama Said. En 1995, Sean forma la banda de IMA (con Sam Koppelman y Timo Ellis) para tocar junto a su madre en su álbum Rising.
Sean también hizo apariciones en el cine, aparece en el film de 1988 de Michael Jackson, Moonwalker, y retrata a un adolescente que experimenta visiones de los diversos cuadros de MC Escher en 1990 en un cortometraje de promoción de Sony, Infinite Escher.
Después de una colaboración con Lenny Kravitz en 1991, en el álbum Mama Said, sacó su primer álbum, Into the Sun, en 1998. En 1999 sacó una recopilación de remezclas de Into the Sun, en Half Horse, Half Musician. También ha hecho una aparición en 2000, en el álbum Primitive de Soulfly, en la canción Son Song.
Su último álbum, Friendly Fire, salió a la venta el 26 de septiembre de 2006, de donde el 10 de septiembre extrajeron el sencillo Dead Meat.
